Neste jogo, o Reino dos Cogumelos está passando por um longo período de paz graças aos esforços dos irmãos Mario e Luigi. Entretanto, o reino forma uma entrada para o Mundo dos Cogumelos onde as coisas não vão bem. Bowser enviou seus sete filhos para este mundo para que eles fizessem as travessuras que quisessem. Lá, eles roubaram os cetros mágicos reais de cada país daquele mundo e transformaram os seus reis em animais. Para fazer com que tudo volte ao normal, Mario e Luigi devem recuperar os cetros mágicos e fazer com que os reis voltem ao normal. Para isso, eles contarão com a ajuda da Princesa Peach, que se comunica com eles através de cartas.