Mark of the Ninja's controles são incessantemente responsivos, e poucas plataformas manipularam a mecânica sigilosa com essa facilidade. Em seus melhores momentos, é uma obra de poesia cinética, com as paredes de escalada de ninja, voando entre plataformas com ganchos de agarrar e esgueirando-se em aberturas apenas milissegundos antes que um laser mortal varre em torno ou antes que ele seja revelado pelas lanternas de uma guarda de patrulhamento. A evasão é a chave, como destacado pelo scorecard no final de cada rodada, que atribui pontos por não ter sido detectado e mantendo todos os guardas vivos.