O jogo começa com uma cegonha carregando dois bebês (Mario e Luigi) quando Kamek, um Koopa com poderes mágicos, rapta um dos bebês (Luigi) enquanto o outro (Mário) cai no oceano. Kamek, furioso por ter perdido o outro bebê, manda seus servos, os Toadies, o procurarem. O outro bebê, que havia aparentemente caído no oceano, caiu, na verdade, em uma ilha: a Yoshi's Island. Ele caiu bem em cima de um Yoshi, que encontra um mapa junto com o bebê e decide ajudá-lo a achar seus pais. Kamek espalha várias criaturas pela ilha, que são os chefes do jogo. Agora, o personagem jogável é Yoshi e deve impedir que Baby Mario seja capturado pelos Toadies, passando por seis mundos e 54 fases diferentes.