O jogo inicia com Desmond Miles no presente, após os eventos de Revelations, onde ele usa a nova versão 3.0 do Animus para se ligar a Connor, um dos seus vários ancestrais assassinos. Connor é um mestiço de pai britânico e mãe indígena, criado na tribo dos Mohawks que é atraído para a luta contra a tirania, quando a sua casa é atacada por colonos brancos. O jogo decorre entre 1753 e 1783, onde a guerra entre os Assassinos e os Templários se mudou para a América Colonial e é focada na Revolução Americana, durante a Guerra da Independência quando os Estados Unidos se libertaram do domínio britânico.