Com uma perspectiva plana, mas exibindo gráficos tridimensionais, em Shadow Complex você assume o papel de James Fleming, um cidadão comum que inicia uma busca para encontrar sua amada. Durante a jornada, Fleming acaba esbarrando com um esconderijo secreto de uma organização terrorista francesa que visa destruir toda a América. É aí que as coisas se complicam. Os seus oponentes iniciam uma busca sem fim para que você não estrague os planos da entidade. Para evitá-los, você terá de explorar cautelosamente todos os locais do game, encontrando novas armas e habilidades.