A história de Killzone começa no planeta Terra, num futuro não muito distante em que a mesma se encontra totalmente devastada por constantes guerras com o uso de armas biológicas e nucleares. Evoluída tecnologicamente, a humanidade resolve buscar um novo habitar num planeta próximo ou em um novo sistema solar. Várias empresas são contatadas e uma destas empresas é a Helghan, que acaba encontrando dois planetas habitáveis no sistema chamado Alpha Centauri. Helghan decide colonizar estes dois planetas e batiza-los de Vekta - cuja a semelhança com a Terra é enorme. O outro planeta foi chamado de Helghan - cujo o lugar é inóspito, mas serve de apoio para Vekta. Com este oportunismo, Helghan acaba desencadeando a inveja de outras organizações, incluindo a organização ISA. Numa ação impulsiva, ISA ameaça Vekta com um embargo de permitir outras organizações exercer suas funções em Vekta. O jogador começa sua aventura controlando Templar, um guerreiro com uma perigosa missão de resgate em meio a uma guerra quase perdida, entre os Helghans e a ISA. Com a ajuda de alguns soldados desgarrados, ele deve encontrar outros três membros para sua equipe e passar por uma série de missões.