O enredo foca na guerra entre as nações do "Mist Continent", do planeta Gaia. Os jogadores seguem o jovem ladrão Zidane Tribal e seus companheiros na luta contra a rainha do reino de Alexandria, Brahne, uma das responsáveis pelo início dos conflitos. Com o desenvolvimento da história, contudo, os personagens descobrem que a monarca está envolvida com um homem muito mais perigoso chamado Kuja.