Syphon Filter 2 começa logo depois dos acontecimentos do jogo original. A Agency vai para o Cazaquistão e sequestra Lian Xing. Cabe a Logan tentar salvá-la, mas seu avião é atingido e cai no Colorado. A grande inovação deste jogo é permitir jogar com Lian, de acordo com o enredo do game. A jogabilidade em si permanece muito semelhante ao primeiro, com muita espionagem e ação. Além do modo de campanha, o jogo criou um modo versus, onde dois jogadores podem se enfrentar localmente.