A história começa com um passeio da Princesa Peach com Toadsworth pela perigosa porém excitante cidade de Rogueport, onde muitas lendas de tesouros cercam o local. Acidentalmente Peach consegue de um vendedor um mapa mágico que mostrava a localização das Crystal Stars. Despertando a atenção dos X-Nauts, a princesa é raptada, mas tem tempo de enviar o mapa por correio para Mario. Sua aventura começará aí, em busca de sua princesa, de decifrar o mapa da lendária porta milenar que guarda um tesouro misterioso, e de evitar que Bowser entre em seu caminho.