Terceiro jogo da série, Mega Man X3 se passa num futuro fictício em que o mundo é habitado por seres humanos inteligentes e robôs chamados "Reploids". Tal como os seus criadores humanos, alguns Reploids se envolvem em destrutivos crimes e são rotulados como "Mavericks". Depois de derrotarem duas vezes Sigma, o líder dos Mavericks, os heróis Mega Man X e Zero tem de lutar contra um cientista Reploid chamado Dr. Doppler e sua utopia de seguidores Mavericks.