Seis meses depois da derrota de Sigma, X assume a liderança dos Maverick Hunters. Mesmo com a morte de Sigma, a Rebelião Maverick continua. X e os outros Maverick Hunters cercaram os Mavericks restantes em uma fábrica de Reploids abandonada, e os derrotaram. Mas a guerra não acabou. Três marvericks, Violen, Serges e Agile, formaram um grupo conhecido como X-hunters e juntaram todas as partes de Zero para reconstruí-lo novamente como um marverick.