Hope's Peak Academy é o lar dos mais brilhantes alunos do ensino médio do Japão. Eles são a esperança do futuro. Mas essa esperança morre repentinamente quando Makoto Naegi e seus colegas se encontram presos dentro da escola, sem contato com o mundo externo e sujeitos aos caprichos de um ursinho estranho e homicida chamado Monokuma. Ele coloca os estudantes uns contra os outros, prometendo liberdade a quem matar um colega e se safar do crime. Cabe a você descobrir quem realmente Monokuma é e por quê você foi retirado do mundo que conhecia. Mas cuidado com o que você deseja: às vezes nada é mais letal do que a verdade...