Há problemas à vista na Craft Island! Na sua ilha paradisíaca, situada no meio do Handmade Ocean, o clã Yoshi desfruta de mais um relaxado dia de diversão…até que o malévolo Kamek entra em cena. Este vilão usa a sua magia para transformar a maioria dos Yoshis em lã, mas alguns deles atiram a lã para os seus olhos e afastam-no antes de conseguir provocar mais danos. Os Yoshis restantes unem-se e partem para o resgate dos seus amigos.