Majora's Mask é o sexto jogo da série e continua a história após The Legend of Zelda: Ocarina of Time. O jogo diferencia-se do resto da série por não se passar em Hyrule e não ser centrado na Triforce e na Princesa Zelda. A história se desenrola em Termina, uma espécie de "mundo paralelo", em que o protagonista Link deve tentar impedir que a lua colida com o planeta, provocando o apocalipse. Majora's Mask é um dos poucos jogos de Nintendo 64 que necessitam do acessório Expansion Pak para funcionar.