Ao fim de Sonic 2, o Death Egg de Eggman caiu na Ilha Flutuante. A ilha é esconderijo da Esmeralda Mestre e Eggman resolve usá-la para consertar a sua estação espacial. Ele então engana o guardião da esmeralda, Knuckles dizendo que Sonic deseja roubá-la. Então Knuckles passa a ajudar erroneamente Eggman. Ao chegar na Ilha, Knuckles rouba as 7 Esmeraldas Do Caos de Sonic e as espalha pela ilha, obrigando-o a recuperá-las.