Na Terra, tudo está indo bem, até que Eggman resolve inaugurar seu novo parque de diversões no Espaço como forma de dizer que está arrependido de seus erros. Mas na verdade, o que o cientista quer é outra forma de dominar o mundo sem que ninguém saiba de suas intenções. Maléfico e sem escrúpulos, Eggman captura os misteriosos Wisps, uma raça alienígena com poderes absurdos, e, com esses seres, ele pode finalmente realizar sua utopia. Mas Sonic não vai permitir tal coisa e lutará contra o vilão novamente.