Dr. Eggman divide a Terra em 7 pedaços. Sonic e Tails são separados de Knuckles, Amy e Cream. Os dois começam a procurar os seus amigos e a fonte do problema (a separação das Esmeraldas do Caos). Mas, como sempre, Eggman está a fazer tudo a partir de dispositivos do Juízo Final e está tentando vencer o Sonic de uma vez por todas. A mais perigosa de suas armas é o Gemerl, um robô de combate criado a partir de peças danificadas de Emerl, de Sonic Battle.