Em uma mudança de ritmo de sua rotina habitual, Bowser, juntamente com os Koopalings, decide invadir o castelo da Princesa Peach, usando um braço mecânico gigante para jogar Mario, Luigi, e os Toads, para longe de Mushroom Kingdom. Então Mario e seus amigos devem se aventurar por 7 reinos procurando o caminho de volta ao castelo para parar os planos de Bowser e salvar a Princesa Peach. E passando por 82 fases distribuidas em 9 mundos.