O objetivo de Mega Man 3 é localizar e destruir os robôs guardiões do Dr. Willy, que estão localizados em oito lugares distintos, para depois invadir o castelo do próprio Dr. Willy. Neste episódio, Mega Man conhecerá um novo e misterioso protótipo, chamado Proto Man, que aparecerá em algumas partes do jogo para desafiá- lo e também para ajudá-lo em situações difíceis.