Doutor Destino, tendo reunido os maiores vilões do Universo Marvel, juntam forças com Albert Wesker, que tem feito o mesmo no universo da Capcom, a fim de unir os dois mundos da Marvel e da Capcom para que eles possam conquistar ambos. No entanto, este curso de ação desperta uma grande e poderosa ameaça que poderia destruir os dois mundos. Cabe aos heróis da Marvel e da Capcom pôr fim a este mal antes que seja tarde demais.