Uma década após os eventos de Lost Planet, com o aspecto do planeta E.D.N. III dramaticamente mudado e graças ao sucesso dos processos de Terraforming, o planeta cria condições de vida semelhantes às da Terra, com o gelo derretendo e abrindo espaço para desertos e florestas tropicais. Os jogadores entram neste novo ambiente e seguem as proezas de seu personagem customizável, tentando obter o controle deste planeta mutante.