Lightning Returns se passa cronologicamente 500 anos após o final de Final Fantasy 13-2 e cerca de 1000 anos após Final Fantasy 13. Lightning, a protagonista do primeiro jogo, é acordada após um longo período de sono pelo Deus da Luz, Bhunivelze. Ela deve salvar o maior número de almas possível, pois o ciclo de vida do mundo foi quebrado e já não há mais mortes nem renascimentos, apenas um mundo estagnado em seu próprio tempo que apenas aguarda o apocalipse. Com apenas 13 dias para coletar um número suficiente de Eradia, a energia das almas, nossa heroína corre contra o tempo para satisfazer o desejo das almas e lhes trazer a felicidade e paz para que possam ser salvas e enviadas ao novo mundo.