Dawn of Mana conta a história de Eldy, um jovem adotado pelo "povo da árvore", que moram numa ilha que abriga a mítica árvore que é a fonte da vida neste mundo. Mas Mana está perdendo sua força e lentamente se transformando em pedra. O destino do jovem é buscar a espada de Mana e salvar a planeta da destruição. Eldy será acompanhado por Ridzia, a sacerdotisa da vila.