Harmony of Dissonance faz uso do estilo side-scrolling 2D, semelhante aos jogos anteriores de Castlevania. O objetivo do jogo é levar Juste Belmont para dentro do castelo cheio de monstro enquanto procura por sua amiga sequestrada. O castelo consiste de duas camadas. Estruturalmente, cada castelo tem principalmente o layout das mesmas salas, mas os tipos de monstros, itens e outros aspectos variam entre as duas versões.