Banjo-Kazooie segue a história dos personagens titulares Banjo e Kazooie, onde tentam parar os planos da antagonista, a bruxa Gruntilda, que tem a intenção de trocar a sua beleza com a irmã de Banjo, Tooty. O jogo apresenta nove fases abertas, onde o jogador deve completar uma série de desafios, como resolver quebra-cabeças, recolher objetos e derrotar adversários.