O Ninja Negro sequestrou a namorada de Alex Kidd, enquanto ambos passeavam num lindo jardim no mundo de Shinobi, mas o ninja branco deu poderes especiais a Alex. Agora cabe a você, no papel do príncipe de Aires, resgatar sua namorada das mãos do terrível Ninja Negro. Para isso será preciso enfrentar muitos inimigos, como ninjas, atirardores de elite, pássaros perigosos, entre outros, e passar por quatro fases diferentes, até finalmente o encontro final com Hanzo.