Os Yoshis viviam em harmonia em sua ilha, Yoshi's Island. Fazendo uso da Árvore Super Feliz, uma árvore mágica, eles podem se manter sempre alegres. Contudo, Baby Bowser aparece e amaldiçoa a ilha para transformá-la em um livro de histórias, e ainda rouba a árvore para destruir a felicidade dos Yoshis. Seis ovos sobreviveram, o os pequenos Yoshis devem recuperar a felicidade de sua ilha.