O jogo é protagonizado pelo famoso dinossauro verde Yoshi, que teve sua estréia no NES. Esse jogo se passa depois que a Yoshi's Island foi trancada no lendário Pop-up Book. Yoshi encontra um espírito que lhe dá o poder de girar a ilha. O objetivo do jogo é passar pelos 6 espíritos para chegar ao grande espírito que poderá libertar a Yoshi's Island da maldição do livro.