O jogo é ambientado na Cidade do México, em um futuro próximo, onde os governos dos EUA, México e Canadá estão se reunindo para firmarem um tratado de combate conjunto à imigração ilegal, narcotráfico e outros crimes na fronteira México/EUA. Paralelamente a isso, os Ghosts, liderados pelo capitão Scott Mitchell's, são recrutados para investigar o desaparecimento de um equipamento de interferência em radio-comunicações americano por parte de guerrilheiros mexicanos rebeldes ao governo.