Novamente, a South Island está com grandes problemas. Depois de várias derrotas seguidas de Dr. Robotnik, ele vai diretamente para a fonte de energia: as Chaos Emeralds, onde acaba pegando a vermelha. O desequilíbrio de forças faz com que a South Island comece a afundar no oceano. Sonic e Tails devem coletar as esmeraldas restantes para recuperar a Esmeralda que está com Robotnik, antes que a South Island afunde com todos os seus habitantes.