Klogg foi banido de Neverhood no jogo anterior, e acabou caindo no planeta Idznak, no qual os habitantes são criaturas conhecidas como Skullmonkeys, primatas normais, só que com crânios ao invés de cabeças. Após Klogg cair, ele arranca toda a aparência física do skullmonkey para ficar parecido com um e se tornar líder. Klogg convenceu os skullmonkeys a construirem uma máquina devastadora para destruir Neverhood. Um skullmonkey inteligente chamado "Jerry-O", manda uma máquina para trazer Klaymen, para que ele impeça a destruição da sua terra natal. No jogo, você controla Klaymen, um habitante de Neverhood que foi para o planeta Idznak com um auxílio de uma engenhoca para evitar a destruição de Neverhood.