Digital Devil Saga se passa no Junkyard, um cenário pós-apocalíptico devastado, onde está sempre chovendo. Todos os moradores do Junkyard são devotos de elementos do Hinduismo, e aparentemente reencarnam sempre que morrem, lembrando de suas vidas anteriores. Seis tribos principais, os Embryon, Vanguards, Maribel, Solids, Brutes e Wolves lutam entre sí para destruir as tribos rivais e assim alcançar o Nirvana.