Muito longe, sobre as nuvens no céu, dizem que há um lugar onde as estrelas vivem: o Santuário da Star Haven. Lá fica um tesouro chamado Star Rod, que pode realizar todos os desejos. Porém, um dia, este lugar é invadido por Kammy Koopa e seu chefe Bowser. Cabe a Mário proteger a Princesa e todo o Mushroom Kingdoom em perigo