Nicktoons Unite! reúne as mentes mais malignas do universo Nicktoons, e cabe a você lutar contra elas! O professor Catástrofe reuniu Plankton, Vlad e Crocker para formar um grupo conhecido como O Sindicato do Mal. O quarteto malvado começou a causar estragos em Retroville, Amity Park, Dimmsdale e Fenda do Biquíni em uma tentativa de dominar o mundo. Para não ser enganado, Jimmy Neutron chama seu próprio grupo de Nicktoons!