Dois meses após o primeiro Killzone, os helghast foram abordados num pesado golpe, mas a guerra está longe de acabar. O inimigo ainda controla grande parte do planeta Vekta e embora as tropas ISA estejam lutando arduamente, estão perdendo cada vez mais territórios. O Imperador Helghast, Scolar Visari, contratou Armin Metrac para fortalecer ainda mais sua posição. Controlando Jan Templar, o jogador é enviado em uma operação para salvar reféns capturados por Metrac, enquanto as tropas da I.S.A. continuam lutando para manter seus territórios. São 5 capítulos divididos em 4 fases, onde os jogadores deverão eliminar a resistência Helghast.