Katawa Shoujo é um romance visual de estilo bishoujo ambientado na ficcional Yamaku High School para crianças com deficiência, localizada em algum lugar do Japão moderno. Hisao Nakai, um garoto normal que vive uma vida normal, tem sua vida virada de cabeça para baixo quando um defeito cardíaco congênito o força a se mudar para uma nova escola após uma longa hospitalização. Apesar de suas dificuldades, Hisao é capaz de encontrar amigos - e talvez o amor, se ele tocar as cartas corretamente. Existem cinco caminhos principais correspondentes aos 5 principais personagens femininos, cada caminho seguindo o enredo referente a esse personagem.