O enredo narra a experiência de um novado na equipe de elite F.E.A.R. (First Encounter Assault Recon) um grupo de assalto especializado em missões que envolvam problemas sobrenaturais. Neste caso, o dever é investigar e eliminar um sargento lunático com poderes paranormais que controla um pelotão de soldados clonados. Sua meta é obscura, porém é sabido que envolve experimentos científicos com uma pequena garotinha que, por sua vez, faz aparições sinistras no decorrer do game.