Após derrotar o Rei K. Rool, os Kongs voltam para as Ilhas DK com a reserva de bananas de Donkey Kong. Logo depois, DK estava relaxando quando o Flying Krock se aproxima da ilha. K. Rool (agora como Capitão K. Rool), envia os Kremlings para a ilha e seqüestra Donkey Kong. Ele só irá libertá-lo se a família Kong entregar a reserva de bananas de Donkey Kong para ele. Então, Diddy e Dixie vão para a Crocodile Isle (o lar dos Kremlings) para resgatá-lo. Para isso Diddy e Dixie precisam atravessar uma série de lugares da ilha, incluindo o Gangplank Galleon, o Crocodile Caudron, a Krazy Kremland e muitos outros.