Invisible War decorre em 2072, num mundo que está a ser reconstruído depois do evento catastrófico de nome "The Collapse." Depois de um ataque terrorista que destrói a cidade de Chicago, o jogador assume o papel de Alex D, um aluno da Academia Tarsus, cujo suporte é dado por várias organização. Durante o progresso do jogo, o jogador apercebe-se de facções conspirativas que procuram mudar o mundo drasticamente. O enredo de Deus Ex: Invisible War é apoiado em vários temas incluindo o estabelecimento de uma religião mundial, as noções humanas de liberdade e individualidade, a corrupção corporativa e os perigos do progresso cientifico.