Breath of Fire acontece nos anos que seguem uma grande guerra civil entre dois clãs de dragões: Light e Dark. Os Light Dragons estão quase extintos, reduzidos a esconderijos em pequenos vilarejos. O protagonista é Ryu, um jovem Light Dragon que desperta em uma noite e encontra sua cidade em chamas, após um ataque dos Dark Dragons. Após o seqüestro de sua irmã no dito ataque, ele parte para salvá-la. Durante sua jornada, ele inicia uma busca por sete chaves mágicas, antes que os Dark Dragons possam usá-las para despertar uma deusa da destruição.