Após os eventos de Bravely Default, Agnès Oblige torna-se na mediadora do processo de paz entre a Crystal Orthodoxy e o Duchy of Eternia, até que se abate uma tragédia quando o terrível Kaiser Oblivion a sequestra. O seu guarda-costas, Yew Geneolgia, promete salvá-la da impenetrável fortaleza do Kaiser - Skyhold - que flutua sobre Eternia. A certa altura, Yew deverá unir-se a Magnolia Arch e a outras novas personagens, assim como a alguns heróis já conhecidos tais como Edea Lee e Tiz Arrior, para que possa superar as perigosas masmorras e derrotar temíveis inimigos.