Depois de derrotar o mal final em sua aventura anterior, o grande herói Adol fica em uma costa marítima, pensando sobre o destino da terra utópica que antes era pacífica de Ys, enquanto o vento sopra em seus cabelos ruivos. De repente, Adol percebe uma garrafa, jogada na costa. Ele contém uma carta, escrita em uma língua estrangeira, na qual uma pessoa desconhecida pede que Adol chegue à sua terra e a salve de um mal misterioso. Adol decide aceitar a oferta e, assim, sua aventura começa novamente ...

Ys IV: Mask of the Sun é um RPG de ação com um sistema de combate como os jogos YS anteriores. Um inimigo deve ser atingido por lados para machucá -lo. Se executado incorretamente, o jogador se machucará. Também é possível usar a magia e se posicionar estrategicamente em batalha, para que o inimigo não seja capaz de infligir nenhum dano.