Situado centenas de anos antes dos eventos de Starsiege: Tribes, Vengeance retrata o nascimento da crescente Guerra Tribal. Centra-se nos eventos em torno de cinco personagens diferentes ao longo de duas gerações e como cada um deles contribui para a guerra em desenvolvimento. A história ("O Passado") começa com um líder do Subclã da Fênix, chamado Daniel, seqüestrando a futura rainha, a Princesa Vitória. Ele a leva para seu mundo natal para mostrar a ela as injustiças feitas ao seu povo e os dois eventualmente se apaixonam. Durante esse tempo, um assassino cibernético chamado Mercury é contratado por um empreiteiro desconhecido para eliminar Daniel, mas o contrato é cancelado momentos antes do tiro ser disparado. Eventualmente, Victoria e Daniel tentam fazer as pazes entre os Imperiais e a Fênix, mas tudo acaba desastrosamente quando os inimigos da Fênix, a tribo Blood Eagle, fazem um ataque a uma base da Fênix disfarçada de tropas imperiais. Em fúria, Daniel mata o rei imperial, Tibério, a quem Victoria vinga matando Daniel. Acontece que Victoria estava grávida do filho de Daniel, que nasceu mulher sob o nome Julia logo depois.