Em 2008, um grupo de rebeldes no extremo oeste da Rússia conseguiu dinheiro suficiente para comprar muitas armas, e também arrebanhou muitos soldados. Como estes estavam conquistando terrenos em Lituânia, Estônia, Rússia, Geórgia e Bielorrússia, a ONU criou uma aliança entre EUA, Rússia e Alemanha para conter esta ameaça. E o jogador ficou encarregado de cuidar da parte tática e prática deste grupo, que pela sua finalidade de infiltragem foi apelidado de Unidade Fantasma (Ghost Recon). O jogador deverá então cumprir 15 missões contra esses terroristas, em locações diversas, como a capital da Geórgia, Tbilisi, e a baía secreta de Murmansk.