O jogador controla Shinobi, um ninja com a missão de deter um sehor de guerra chamado Ashira-o. A principal arma de Shinobi é uma katana. Ele também pode atacar com shurikens e, posteriormente, obtém habilidade de pulo-duplo, além de usar magia negra e movimentos furtivos. A maioria dos inimigos do jogo são samurais e outros ninjas. Existem cinco chefes no decorrer da campanha.