Um dia, algum tempo antes do incidente da West Side Island, Tails está tirando uma soneca em uma floresta perto de sua casa. De repente, no entanto, a tranquilidade é abruptamente interrompida por uma explosão gigante nas profundezas da floresta. Tails, em pânico e confuso com a situação atual, é informado por um Flicky que a ilha foi invadida pelo Império Battle Kukku, o exército imperial do malvado ditador Great Battle Kukku, que veio para Cocoa Island para procurar as Esmeraldas do Caos e tentar dominar o mundo. Sem ter ideia do que está acontecendo, Tails vê a silhueta de um mech gigante derrubando as árvores da floresta e espalhando o fogo. Enquanto isso, Great Battle Kukku está comemorando que ele encontrou Cocoa Island. Agora determinado a obter as Esmeraldas do Caos, ele enviou um enorme exército de mineração para encontrar as Esmeraldas.