Sonic Eraser é um jogo de quebra-cabeça simples. No modo versus, quando um jogador obtém uma combinação de três alinhamentos consecutivos de peças, o Sonic desse jogador ataca o Sonic do outro jogador, fazendo com que ele perca momentaneamente o controle de suas peças. O jogo oferece quatro modos de jogo únicos, todos jogáveis ??por um ou dois jogadores.