Na versão de Mega Drive, definida alguns anos após a invenção da RoboCop, a história envolve a SAC-NORAD contratando a Cyberdyne Systems na construção da Skynet. A Cyberdyne usou a tecnologia do RoboCop na criação da Skynet. Quando ativada, a Skynet se torna autoconsciente e lança uma guerra contra a humanidade. No futuro, a Skynet envia vários Exterminadores de volta ao passado para enfraquecer a Resistência. Depois de destruir um dos Exterminadores, RoboCop prossegue para Delta City, onde ele enfrenta RoboCain.
Depois que RoboCain foi destruído, RoboCop luta em seu caminho ao prédio da OCP, onde ele derrota todos os Exterminadores. Depois de derrotar uma unidade ED-209 reprogramada pelos Exterminadores, o RoboCop se conecta a um console. Desconhecido por ele, RoboCop acaba dando informações que a Skynet pode usar. Isso acaba com o RoboCop caindo em uma armadilha. No futuro, o RoboCop é montado, onde ele luta numa época infestada por Exterminadores e destruída pela Skynet.

Já na versão de SNES, no futuro, soldados humanos da força de resistência de John Connor contra as máquinas estão lutando uma guerra perdida contra a Skynet e suas forças robóticas. Ao descobrir que uma das tecnologias fundamentais da Skynet é a tecnologia cibernética usada na criação do policial ciborgue RoboCop, Flo, um soldado da resistência, é enviado de volta no tempo para destruir o RoboCop e impedir que a Skynet seja construída. No entanto, a Skynet descobre a tentativa de viagem no tempo e envia Exterminadores para parar Flo. RoboCop logo se encontra com Flo e deve lutar contra os Exterminadores, as forças da OCP e vários obstáculos.
Ao descobrir que um dos Exterminadores se infiltrou no prédio da OCP, RoboCop se conecta a um console para reprogramar a segurança, apenas para cair em uma armadilha e ser digitalizado. Depois que seu corpo é desmontado e usado para construir a Skynet, RoboCop observa Skynet chegar ao poder antes de usar sua mente digitalizada para assumir o controle de uma fábrica de robótica abandonada, reconstruir-se e começar a destruir a Skynet no futuro. Ele destrói com sucesso o CPU da Skynet e prevalece, e volta suas atenções para ajudar a humanidade a se recuperar da devastação.