Going Commando começa com os mesmos dois heróis da série aproveitando um bom descanso depois de salvar a galáxia no game anterior. Eles são contratados por Abercrombie Fizzwidget, um empresário espacial, que oferece uma nova missão de resgate para Ratchet em troca de treinamento militar. O ser peludo gosta da idéia de ser um herói. Mas a trama desta vez guarda algumas surpresas e os dois amigos deverão explorar mais algumas dezenas de planetas para salvar a galáxia novamente!