O protagonista de Prison Break: The Conspiracy, é um agente da "Companhia" chamado Tom Paxton, um novo personagem desenvolvido para a trama do vídeo game. Ele é mandado para a Penitenciária Estadual de Fox River para desvendar o mistério que há por trás de Michael Scofield, o herói da série, estando na mesma prisão que seu irmão Lincoln Burrows. A trama corre paralela à primeira temporada de Prison Break.